Eine Reihe von Antiviren-Software-Herstellern bietet inzwischen eigenständige Tools zum Entfernen des Conficker-Wurms an, darunter Symantec, F-Secure und Bitdefender.

Diese Tools muss man nicht installieren, jedoch bieten die Hersteller bislang noch keine Informationen darüber welche Versionen des Conficker Wurms wirklich entfernt werden und ob man nicht doch lieber formatieren sollte. Grundsätzlich sollte man sich nie ganz sicher fühlen, dass man einen Rechner mit solchen Remover Tools ganz sauber bekommt, da jedoch der Conficker Wurm sehr gut erforscht wurde, ist hier die prozentuale Chance, dass nichts mehr über bleibt doch deutlich höher.